Одно из первых упоминаний о селе Щеглятьево содержится в Писцовых книгах 1627–1628 гг., где читаем: «Деревня на речке Бытенке, находящаяся в Московском уезде, Замыцкой волости, в вотчине первого Григорьева сына Глазова, в деревне два двора крестьянских, людей в них тоже».
Итак, в начале XVII века будущее село называлось деревней, в которой было всего два дома. Вотчинником деревни в 1627 г. был Григорий Глазов.
В конце XVII века село Щеглятьево находилось в Перемышльской десятине Патриаршей (Московской) области. Позже село Щеглятьево находилось в Хатунской десятине (получившей свое название по селу Хатунь). Село Щеглятьево, как и село Хатунь в 1889 г. находилось в Серпуховском уезде Московской губернии.
В 1660 г. «деревня Щеглятьево отписана на Великого государя», но уже в 1661 г. «отписана во владение Андрею и Иову Глазовым (несомненно, родственникам первого вотчинника). От них деревня продана в 1666 г. Василию Федоровичу Пестрикову, и куплена у него в 1670 г. диаконом Василием Протопоповым. В 1692 г. вотчина переходит к Алексею Юрьеву Лутохину, при котором в селе Щеглятьеве была построена первоначальная деревянная церковь, а село стало называться «Златоустовским, Щеглятьево тож».
Первая церковь в селе Щеглятьево была построена деревянной в 1694 г. и посвящена Святителю Иоанну Златоустому. В книге Казенного приказа 1694 г. записано: «Декабря в 10 день, по указу Патриарха, а по челобитью стольника Алексея Юрьева сына Лутохина, велено ему в Московском уезде, в Замыцкой волости, в отчине его, в сельце Щеглятьеве построить вновь церковь Иоанна Златоустаго, а тоя церкви на попа с причетники положить дани, с просвирницына, с вотчинникова, с 20 дворов крестьянских, с 5 деловых людей, да по памяти, какова прислана из Поместного приказа, за приписью дьяка Ивана Козлова…»
К 1721 г., очевидно, первоначальная церковь в селе была уже довольно ветха, и решено было ее перестроить. В записной книге исходящих бумаг Казенного приказа за 1721 г. значится: «Мая в 13 день запечатан указ о строении церкви, по челобитью Никона Иванова сына Волкова, велено ему в Московском уезде, в Хотунской десятине, в селе Златоустовском, вместо ветхой церкви, построить новую церковь во имя Иоанна Златоустаго».
В документах, датируемых 1722 г., содержатся некоторые сведения о церковном клире и причте, при церкви были тогда: священник Иван Лукьянов (1704-1722 гг.), дьячки Никита Владимиров (1704-1719 гг.) и Алексей Иванов (1722 г).
В 1779-1783 гг. при владельце села Сергее Алексеевиче Дубенском, по его прошению и по выданной ему грамоте, в селе Щеглятьеве была построена каменная церковь, существующая доныне.
Новопостроенная каменная церковь была освящена во имя Владимирской иконы Божией Матери 13 ноября 1796 года протоиреем Петром Алексеевым. Второй же придел во имя Рождества Христова был освящен только 23 декабря 1823 года. Позже к трапезной новопостроенной церкви была пристроена колокольня.
В 1780 году в селе Щеглятьево насчитывалось 61 крестьянский двор с 378 жителями.
В 1845 году в селе построено «здание правления вотчиной». Штат правления состоял из бургомистра, сборщика оброка, сотского, кучеров и сторожа. В селе находился господский дом, стояли скотный двор, овчарня, а также птичник.
В вотчине строго следили за духовной жизнью крестьян. В случае несоблюдения христианских обычаев крестьян штрафовали, а в течение святой четыредесятницы все были обязаны быть на исповеди.
Дальнейшее обустройство церкви связано с именем новой владелицы села, графини Елизаветы Ивановны Орловой. В 1847 году сюда были доставлены строительные материалы, и под руководством архитектора Мартемьянова в церкви установили трехъярусный иконостас, на окнах появились изящные кованые решетки, а сама церковь была обнесена оградой. По указанию графини в селе в 1846 году была открыта школа, в которой преподавались чтение, правописание, закон Божий и священная история.
После кончины графини Щеглятьевской вотчиной стал владеть ее племянник – действительный статский советник Владимир Петрович Орлов-Давыдов.
После смерти В.П. Орлова-Давыдова в 1882 году Щеглятьевская вотчина перешла во владение Сергею Владимировичу Орлову-Давыдову. Сестра его Мария Владимировна основала в селе Щеглятьево церковно-приходскую школу, открытую в 1885 году.
Исторические свидетельства, относящиеся к 1887 году дают некоторые сведения о внешнем и внутреннем убранстве Владимирской церкви: «Наружные стены с пилястрами и выемками для фальш-окон, карниз из белого камня и кирпича, кровля на сводах – дуговая, а на приделах – трехскатная, железная; одна глава вызолочена, крест шестиконечный металлический – позолочен; в церкви семь дверей: по две в западном, южном и северном приделах, а также дверь в арке; внутри церковь – круглая, алтарь от храма отделен каменной стеной с тремя пролетами, оба придела – теплые». Архитектура церкви являет собой образец раннего классицизма.
В 1894 году к юго-западу от церкви была построена одноэтажная кирпичная сторожка.
Село Щеглятьево в конце девятнадцатого века входило в границу мелиховского медицинского участка, обслуживаемого с 1892 г. по 1899 г. земским врачом, знаменитым русским писателем А.П. Чеховым. Жизнь крестьян села Щеглятьево, безусловно, нашла отражение в творчестве Антона Павловича.
В 1932 году церковь закрыли, в здании церкви устроили общежитие. Разрушение церкви началось со снятия колоколов, решеток в окнах.
Церковь села Щеглятьево была возвращена православной общине в январе 1998 года. К этому времени сохранялись лишь стены церкви с куполом и с крестом. Предстоят большие восстановительные работы. Настоятелем в церкви назначен священник Валерий Балакирев. Богослужения в храме совершаются по субботам, воскресеньям и в праздничные дни.
При храме имеется часовня во имя св. Федора Ушакова.