Село Ильинское – древнейшее село на Домодедовской земле: оно упоминается в духовной грамоте великого князя Ивана Даниловича Калиты в 1339 году. В духовной грамоте сказано: «Се дал есмь своему болшему Семену: Можаеск, Коломьну со всеми Коломеньскими волостями..., деревни Маковец, Левичин, Скулнев...». Скулнев – это древнее название села Ильинское. В поздние времена в Московской Руси появился даже Скульнев стан, имевший в подчинении многие окрестные села и деревни.
Неизвестно, когда была построена первая деревянная церковь во имя пророка Божия Илии, но с постройкой церкви деревня стала называться село Ильинское.
По Коломенским писцовым книгам 1577-1578 годов, село Ильинское записано как старая вотчина Алексеевского девичьего монастыря, что в Москве.
В годы смуты начала шестнадцатого века село было разорено. При селе после смуты числилось 125 десятин пашни и 50 десятин – луговой земли, а в селе стояло 8 крестьянских и 5 бобыльских дворов с 16 жителями. В Переписных книгах 1678 года село имело 24 двора с 91 жителями-мужчинами.
В царствование Петра I в 1719 году в селе проживало уже более 120 человек, но количество дворов не увеличилось. В восемнадцатом веке село Ильинское находилось в ведении ведомства государственного имущества.
Деревянная церковь в селе в течение продолжительного времени XV-XVIII веков неоднократно перестраивалась, обновлялась. Но иконы старинного письма переносились из храма в храм. В храме были древние иконы, две особенно ценные, греческого письма, в медных ризах и деревянных киотах: икона Спасителя и икона Донской Божией матери.
Дошедшая до нашего времени Ильинская церковь, сложенная из белого камня и кирпича, строилась на средства прихожан прежнего деревянного храма в 1819-1829 гг. В 1838 г. началось сооружение колокольни, объединенной с церковью притвором. Геометрически четкие прямоугольные объемы безстолпного одноглавого храма, алтаря, трапезной и притвора складываются в традиционную осевую композицию.
Исторические свидетельства донесли до наших дней облик новосозданной церкви: «Церковь – холодная одноэтажная, квадратной формы. Наружные кирпичные стены – гладкие, в середине имели пояс из кирпича «в ребро». Стены имели лопатки, сведенные вверху в три арки с небольшими углублениями. Кровля на сводах церкви - шатровая, в холодной церкви на четыре ската, а в придельной теплой – на два. Кровля – железная, покрашенная медянкой. Над сводами – фонарь на гладкой шее. Глава церкви – круглая, покрыта железом и покрашена. Главу венчает восьмиконечный железный крест, обложенный белой жестью».
Окна храма – широкие с прямыми перемычками – имели решетки. В храме три двери: западные, северные и южные – деревянные.
Придел отделялся от основной церкви каменной стеной с аркой для стеклянных дверей. Алтарь основной церкви отделялся от храма также каменной стеной, а в приделе алтарь отделялся иконостасом. В церкви были установлены деревянные престолы. Иконостасы в церкви имели: основной четыре яруса, а в приделе – три яруса.
Колокольня имела три яруса и была выполнена в византийском стиле. На колокольне подвесили один колокол в 16 пудов и 23 фунтов.
В середине девятнадцатого века в церкви был установлен новый 50-пудовый колокол, изготовленный на московском заводе Д.Н. Самгина в 1847 году.
А в 1855 году усердием благотворителя купца Василия Афанасьевича Шишлова, прихожанина церкви, на колокольне был установлен большой 100-пудовый колокол, отлитый для церкви на заводе Богданова в Москве
После реформы 1861 года за крестьянами села было закреплено 171 десятина земли: 110 десятин пашни, 20 десятин лугов и 9 десятин леса.
Начиная с девятнадцатого века в день Илии Пророка – храмового праздника села – в Ильинском ежегодно проходили летние ярмарки. По отзывам крестьян, Ильинская ярмарка считалась лучше соседних – Кишкинской и Вельяминовской.
В 1917 году священником церкви был Павел Смирнов, а церковным старостой – крестьянин Сергей Тихонов. В годы лихолетья священник был сослан на Север и скончался в пути. В здании церкви попеременно устраивали склад, общежитие, магазин. Живопись внутри храма выжгли паяльными лампами.
В начале 1992 года, после более чем полувекового стояния без пения, в храме Ильи Пророка в селе Ильинское начались регулярные Богослужения. Настоятелем храма Ильи Пророка был назначен священник Андрей Серебряков. Храм был передан общине верующих в состоянии крайнего разрушения: с провалившимся потолком, отвалившейся штукатуркой, сгнившими окнами и общей разрухой.
К 1996 году после пяти лет усиленных трудов по реставрации, при активной помощи прихожан, храм Ильи Пророка снова обрел благолепный вид, однако еще многое предстоит сделать: устроить иконостас, выполнить росписи, реставрировать придел святителя Николая Чудотворца, восстановить здание церковно-приходской школы.
24 ноября 1996 года состоялось освящение храма Митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием. Богослужения в храме совершаются по субботам, воскресеньям и в праздничные дни.